Esta asociación naceu no ano 1993, baixo a súa primeira denominación como AGA, co obxectivo de conectar a antropoloxía galega co resto das asociacións de antropoloxía existentes no estado español, integrándose ese mesmo ano na Federación de Asociacións de Antropoloxía do Estado Español (FAAEE), no VI Congreso de Antropoloxía da federación celebrado en Tenerife. Iniciou así o camiño necesario para promover o exercicio da profesión antropolóxica en Galicia diante das institucións do estado.
A actividade máis visible da FAAEE consistiu na organización de congresos bianuais, para fortalecer, por unha parte a presenza da investigación antropolóxica na sociedade, e por outra a definición dos perfís académicos e científicos da disciplina, aparecendo como consecuencia novos campos de actuación profesional, como a xestión do patrimonio cultural, os programas de desenvolvemento rural, a antropoloxía da alimentación, da comunicación, da inmigración, a xestión da cultura urbana, a xestión medioambiental, os programas sobre turismo e desenvolvemento local, a participación en programas de asistencia sanitaria, así como as políticas sobre a memoria histórica. Os congresos organizados polas asociacións dentro da Federación foron espertando debates, que serviron para deseñar os perfiles académicos que permitiran a formación curricular da antropoloxía nas universidades, contribuíndo así á definición dos perfís profesionais.
AGANTRO proponse como un lugar de encontro de profesionais e de expertos afíns interesados pola disciplina, para abrirse hoxe a un panorama moi diferente do tempo no que comezou a súa andadura. Consolidar os perfís profesionais propios esixe abrirse á colaboración con outros especialistas das ciencias sociais, das humanidades e das ciencias da saúde en programas onde o perfil antropolóxico acade o recoñecemento. Isto precisa da actualización dos métodos de traballo de campo que caracterizaron sempre a antropoloxía, como disciplina con coñecemento dos problemas concretos e con capacidade para deseñar propostas. A organización de congresos e debates públicos pretende seguir sendo en boa medida o camiño para fortalecer a profesionalización da disciplina, así como a promoción de publicacións e de proxectos de investigación.